Chi đoàn TNCS Hồ Chí Minh Trường PTDTBT TH&THCS Trà Nam là tổ chức chính trị-xã hội của đoàn viên, thanh niên. Trong thời gian 20 năm Chi đoàn trường đã vượt qua bao khó khăn, thử thách, luôn xung kích tình nguyện đi đầu trong mọi hoạt động của Nhà trường, khắc phục khó khăn với tinh thần “Đâu cần thanh niên có, đâu khó có thanh niên”. Chi đoàn trường là chỗ dựa vững chắc, là đơn vị trực tiếp tham mưu cho Chi bộ, Ban Giám hiệu trong việc thực hiện nhiệm vụ tập hợp, tổ chức, giáo dục và rèn luyện đoàn viên, thanh niên.

Trường PTDTBT TH&THCS Trà Nam là một trường thuộc miền núi với nhiều điểm trường lẻ địa hình đi lại khó khăn, đa số đoàn viên chi đoàn là giáo viên chủ nhiệm lớp. Chính vì vậy, công tác tập hợp, hoạt động chương trình thanh niên gặp nhiều khó khăn. Vượt lên trên những khó khăn ấy, Chi đoàn trường PTDTBT TH&THCS Trà Nam luôn khẳng định được tinh thần nhiệt huyết của sức trẻ, sự sáng tạo – cống hiến để góp phần thực hiện mục tiêu giáo dục của nhà trường là “Nền nếp -Kỷ luật-Kỷ cương-Hội nhập và khai phóng” gắn với phương châm “Xung kích-Tình nguyện-Trung thành-Sáng tạo-Thanh lịch-Văn minh” hai mươi năm một chặng đường trôi qua đã minh chứng cho sự phát triển và trưởng thành của tổ chức Đoàn trường PTDTBT TH&THCS Trà Nam.